L’àrea de treball dels Museus de Sant Cugat s’estén més enllà de les seves seus, tot abastant conjunt del patrimoni arquitectònic i arqueològic del municipi. El museu és el servei municipal de Patrimoni històric.
Com a tal, és corresponsable, juntament amb l'àmbit municipal de Territori, de la Revisió del Pla Especial de Protecció del Patrimoni Arquitectònic de Sant Cugat i des de l’any 2006 conforma, amb tècnics d'aquell àmbit, la Comissió municipal de Patrimoni, responsable del compliment de la RPEPPA. El paper del museu a la Comissió consisteix en valorar l’interès patrimonial dels béns objecte de projecte d’obra, vetllar perquè els projectes analitzats assegurin la conservació d’aquest interès i l'acompliment de la normativa de protecció, i garantir que, en tos els casos, s’adoptin les mesures adients de conservació i/o documentació del patrimoni.
Igualment, els Museus de Sant Cugat coordinen i impulsen la gestió de les intervencions arqueològiques que es duen a terme al municipi, tant per part de l'Ajuntament com per part dels promotors privats. 
En definitiva, la línia de treball dels Museus en relació amb la gestió del Patrimoni aruiqtectònic assegura una major i millor conservació del patrimoni arquitectònic, tot aprofundint en el coneixement del patrimoni local, identificant allò més rellevant i significatiu.
El resultat,, en termes de coneixement de la història de la ciutat:

• al nucli històric, si bé l'activitat arqueològica no ha estat gaire eloqüent pel que fa a l’època medieval i moderna, s'hi estan posant de manifest els trets essencials del Sant Cugat dels segles XVIII-XIX, així com la gran importància de l’especialització vitivinícola experimentada en aquest període.
• als nous barris i polígons dels la perifèria urbana l'activitat arqueològica ha anat localitzant jaciments dispersos on cal destacar els assentaments d’època romana, amb menció especial a la vil·la de Can Cabassa, i els medievals, que ofereixen una evolució de l’organització rural que respon a la consolidació del model feudal protagonitzat pel monestir de Sant Cugat.

Alhora, l'acció dels Museus en l'àmbit del Patrimoni arquitectònic també fa un especial èmfasi en difondre els nous coneixements generats:

• conferències i visites in situ
• itineraris temàtics per la ciutat, basats en el patrimoni com a testimoni de la història
• publicació del llibre “Tresors de Sant Cugat”
• plaques de senyalització del patrimoni arquitectònic de la ciutat. A data d’avui hi ha 70 plaques instal·lades, que cobreixen un ric i variat patrimoni.